Il Consiglio di amministrazione è l’organo decisionale del FLAG. Ha compiti di ordinaria e straordinaria amministrazione per il conseguimento degli scopi dell'associazione e per l’attuazione del Piano d’azione. 

È costituito da 7 membri:

• 3 imprese private rappresentative del comparto acquacoltura, trasformazione e commercializzazione del prodotto ittico;
• 3 rappresentanti della società civile espressione del comparto pesca e di altri settori relativi allo sviluppo locale; 
• 1 rappresentante della Pubblica amministrazione.

Le quote di rappresentatività delle diverse componenti, in termini di potere di voto, sono quindi le seguenti: 3 privato, 3 società civile, 1 pubblico.
Per quanto riguarda invece i diversi settori, le quote di rappresentatività, espresse in termini di potere di voto, sono le seguenti: 2 pesca, 2 acquacoltura, 1 trasformazione e commercializzazione, 1 altro, 1 pubblica amministrazione.

Il Consiglio di amministrazione nomina al suo interno un presidente e un vicepresidente, resta in carica per 3 anni e può essere rinnovato. 

Presidente: Cristoforo Luciano Piras
Vicepresidente: Roberto Savarino
Consiglieri: Sergio Lai; Simone Lecca; Ivo Melis; Bruno Meloni; Aldo Vigo